Tomoya Okazaki est en troisième année. C'est un étudiant qui ne prend pas ses études au sérieux. Toujours en retard, il est considéré comme un délinquant par le reste de ses camarades de classe qui sont occupés à préparer leurs examens d'entrée. Il fait des rêves dans lesquels il se promène à travers une terre de néant. Un jour, sur le chemin de l'école, il rencontre une étrange élève : Nagisa Furukawa.