O filme gira em torno de Fred Flintstone quando ele é colocado na posição de ter que se passar por um agente secreto, pois o agente Rock Slag é ferido durante uma perseguição em Bedrock e seu chefe decide substitui-lo por Fred, que por acaso se parece com ele, na missão contra o maligno vilão Green Goose, que tem planos de usar um missil destruidor.