No século 17, dois padres jesuítas portugueses, Sebastião Rodrigues e Francisco Garupe, viajam até o Japão em uma época em que o catolicismo foi banido, assim como quase todo o contato externo. À procura do mentor deles, os jesuítas enfrentam a violência e perseguição de um governo que deseja expurgar todas as influências estrangeiras.