O filme começa com um noticiário, incluindo o discurso de despedida do presidente Dwight D. Eisenhower em 1961, alertando sobre a construção do "complexo militar-industrial". Isso é seguido por um resumo dos anos de John F. Kennedy como presidente, enfatizando os eventos que, na tese do cineasta Oliver Stone, levariam ao seu assassinato. Isso leva a uma reconstrução do assassinato em 22 de novembro de 1963. O promotor distrital de Nova Orleans, Jim Garrison (Kevin Costner), suspeita sobre possíveis ligações com o assassinato em Nova Orleans. Garrison e sua equipe investigam vários possíveis conspiradores, incluindo o piloto particular David Ferrie (Joe Pesci), mas são forçados a deixá-los em liberdade após sua investigação ser publicamente repreendida pelo governo federal. O suspeito pelo assassino de Kennedy, Lee Harvey Oswald, é morto por Jack Ruby e Garrison encerra a investigação.