El agente Ethan Hunt, acusado de un atentado terrorista con bombas contra el Kremlin, es desautorizado junto con toda la organización, al poner en marcha el Presidente el “Protocolo Fantasma”. Abandonado a su suerte y sin recursos, el objetivo de Ethan es rehabilitar el buen nombre de su agencia e impedir un nuevo ataque. Pero Ethan emprende esta misión con un equipo formado por fugitivos, cuyos motivos personales no conoce bien.