Unos años después de los eventos de Underworld: Evolution, tanto el gobierno como el público en general se dieron cuenta de la existencia de los vampiros y licántropos. Un programa para estudiar y potencialmente aprovechar sus poderes pronto se convierte en un genocidio total y poco después de que comience la "Purga", Selene y Michael son capturados por humanos. Debido a sus rasgos vampíricos mejorados, Selene está encarcelada en suspensión criogénica.